У 2015 році для макcимально ефективного вирішення завдань, що стоять перед Інститутом було проведено зміну структури Інституту. Сьогодні Інститут має 3 відділення, 9 наукових відділів, дослідну мережу з 3 дослідних станцій та 2 дослідних господарств, які знаходяться у різних кліматичних зонах України.
