У 2023 році, для підвищення ефективності роботи та реалізації пріоритетних завдань Інституту, було здійснено оптимізацію його структури. На сьогоднішній день структура Інституту включає 8 наукових відділів. До його дослідної мережі належать Сарненська дослідна станція та ДП "Дослідне господарство "Брилівське", яке, на жаль, через повномасштабну агресію рф перебуває на тимчасово окупованій території.
ВІДДІЛ АГРОРЕСУРСІВ
ВІДДІЛ ЗРОШЕННЯ
ВІДДІЛ ВОДНИХ РЕСУРСІВ
ЛАБОРАТОРІЯ ВОДОПОСТАЧАННЯ І ВОДОВІДВЕДЕННЯ
ВІДДІЛ ДРЕНАЖУ
ВІДДІЛ ВИКОРИСТАННЯ МЕЛІОРОВАНИХ ЗЕМЕЛЬ
ВІДДІЛ ЕКОЛОГІЇ І ПРИРОДОКОРИСТУВАННЯ
ЛАБОРАТОРІЯ ПРИРОДОКОРИСТУВАННЯ
ВІДДІЛ ІНФОРМАЦІЙНИХ ТЕХНОЛОГІЙ ТА МАРКЕТИНГУ ІННОВАЦІЙ
ВІДДІЛ ГІДРОТЕХНІКИ ТА БУДІВНИЦТВА ВОДОГОСПОДАРСЬКО-МЕЛІОРАТИВНИХ СИСТЕМ