Відділ агроресурсів
Відділ інформаційних технологій та маркетингу інновацій
Відділ зрошення
Відділ дренажу
Відділ використання меліорованих земель
Відділ гідротехніки та будівництва водогосподарсько-меліоративних систем
Структура інституту
8
відділів
2
лабораторії
1
станція
1
господарство
Дослідна мережа інституту включає дослідні станції та господарства у різних кліматичних зонах України для комплексних досліджень водних проблем та меліорації.