У 2019 році для макcимально ефективного вирішення завдань, що стоять перед Інститутом було проведено зміну структури Інституту. Сьогодні Інститут має 3 відділення, 7 наукових відділів, дослідну мережу з 3 дослідних станцій та 2 дослідних господарств, які знаходяться у різних кліматичних зонах України.
НАУКОВІ ПІДРОЗДІЛИ ІНСТИТУТУ ВОДНИХ ПРОБЛЕМ І МЕЛІОРАЦІЇ НААН:
ВІДДІЛЕННЯ АГРОРЕСУРСІВ ТА ІНФОРМАЦІЙНИХ ТЕХНОЛОГІЙ
- Відділ використання агроресурсного потенціалу
- Відділ інформаційних технологій та маркетингу інновацій
Лабораторія управління водними ресурсами
Лабораторія водопостачання і водовідведення
Лабораторія екології водних об’єктів
Лабораторія моніторингу та охорони вод
- Відділ зрошення
- Відділ дренажу
- Відділ використання меліорованих земель
Брилівський опорний пункт - Відділ експлуатації водогосподарсько-меліоративних систем
