У 2023 році для макcимально ефективного вирішення завдань, що стоять перед Інститутом було проведено зміну структури Інституту. Сьогодні Інститут має 8 наукових відділів, дослідну мережу з 2 дослідних станцій та 2 дослідних господарств, які знаходяться у різних кліматичних зонах України.
НАУКОВІ ПІДРОЗДІЛИ ІНСТИТУТУ ВОДНИХ ПРОБЛЕМ І МЕЛІОРАЦІЇ НААН:
- Відділ агроресурсів
- Відділ інформаційних технологій та маркетингу інновацій
- Відділ водних ресурсів
- Лабораторія водопостачання і водовідведення
- Відділ зрошення
- Відділ дренажу
- Відділ використання меліорованих земель
- Відділ гідротехніки та будівництва водогосподарсько-меліоративних систем
- Брилівське дослідне поле
- Відділ екології і природокористування
- Лабораторія природокористування
